Un'associazione di fedeli sorta nel 1368 sotto il nome di Confraternita si san Bernardo abate, nella seduta del 5 novembre 1585 presieduta dal priore pro-tempore don Pietro Fulvio, decise di fondare un monastero femminile sotto l'invocazione di san Bernardo, aggregato all'Ordine Cistercense.

  Il 13 febbraio 1586 il Papa Sisto V, con Bolla "Supernae dispositionis arbitrio" concedeva come sede della nuova Comunità monastica di san Bernardo la chiesa dei santi Vito e Modesto, sita presso la Basilica di santa Maria Maggiore.

    Il 15 luglio 1586 con Bolla "Sacrosanctae militantis Ecclesiae" lo stesso Pontefice Sisto V permetteva l'erezione, a fianco del monastero, di un collegio dove accogliere ed educare le ragazze povere.

  Il 12 dicembre 1586 furono chiamate dal monastero di santa Cecilia in Trastevere tre monache per iniziare questa nuova fondazione: Donna Felice Maura Perfetta Maccabea, abbadessa, Donna Deodata Avila, maestra delle novizie e Donna Eugenia Ficardi, le quali l'11 giugno 1587 fecero nuova professione e indossarono il nuovo abito cistercense: tonaca bianca e scapolare e velo neri.

  Il  7  ottobre  1587 il pontefice Sisto V con Breve  "Sacrosancta Romana Ecclesia" concedeva come nuova sede della Comunità Monastica Cistercense di san Bernardo la Chiesa di santa Susanna. alle Terme di Diocleziano.

    Nel 1618 la Comunità fonda un nuovo monastero nella cittadina di Nepi, presso Viterbo.

    Durante l'occupazione di Roma ad opera di Napoleone Bonaparte (1811) le monache furono costrette ad abbandonare il proprio monastero e poterono farvi ritorno nel 1814.

  Altro periodo molto difficile nel 1870 quando Roma fu occupata dalla Casa Savoia, e per le leggi di soppressione la Comunità fu privata di tutti i beni, chiesa compresa. Gli fu concesso di abitare in una piccola parte del monastero a fianco alla chiesa.

    Nel 1922 la Comunità monastica accettò di ospitare nella Chiesa alcuni padri della Congregazione missionaria di San Paolo, nata negli U.S.A., perché esercitassero la cura pastorale dei loro connazionali nella città eterna.

  Nel 1924 il Cardinale Oreste Giorgi, sollecitato dalla Comunità monastica, rivendicò a mezzo del titolo cardinalizio la proprietà del monastero rimasto, dove vivevano le monache, e della stessa chiesa.

  Nel 1968 il Cardinale Titolare di santa Susanna, Richard Cushing, arcivescovo di Boston, cosciente che tutto il complesso monastico era appartenuto alle Cistercensi, completò l’opera del Cardinale Giorgi trasferendo al Monastero Cistercense, che nel frattempo (1937) aveva ottenuto il riconoscimento giuridico, tutti i beni rivendicati. 

    Sua Santità Giovanni Paolo II, nella sue due visite al Monastero il 5 marzo 1989 e il 27 giugno 1993, ricordava alle Monache di continuare ad elevare a Dio, in questo luogo singolare al centro della città di Roma, preghiere per l'umanità tutta.